Po skončení II. světové války bylo Brno osvobozeno 26.4.1945 a již v květnu nastoupili brněnští skauti a skautky na své místo. První krojované skupiny skautů a skautek patřilo Dominikánské náměstí při návštěvě prezidenta Beneše 12. května 1945. Stávající oddíly se rychle probouzely k životu a současně vznikaly nové oddíly. Nevídaný příliv mládeže znamenal velký nárůst oddílů, z nichž některé (4. dívčí) měly přes 200 dětí. V průběhu měsíce června zorganizoval oblastní velitel F. Hanzelka na popud ústředí žňové brigády na Jižní Moravě.
A byly i oddíly, které si troufly na samostatný tábor. Materiální nedostatky – stany- byly nahrazeny podsadami, krytými střechami z térového papíru, jejichž jediným nedostatkem bylo, že skautíky ubytované v těchto „stanech“ odmítli štípat komáři. Na podzim 1945 se rozběhly kurzy pro vedoucí vlčat a dále i skautek. V témže období vznikl v Brně vysokoškolský oddíl pod vedením br. Ing. Josefa Štefana. Účinnou propagací skautských myšlenek v Brně byly rozhlasové relace (vznikly již před 2. světovou válkou), které probíhaly ve čtrnáctidenních intervalech. První poválečná relace se uskutečnila 24. listopadu 1945 a její náplní byl pokračovací kurs pro rádce. Rozhlasové programy byly nepřetržitě vysílány až do začátku měsíce února 1948. Druhý řádný junácký sněm v Praze schválil začlenění Junáka do ČSM, což předznamenalo jeho další vývoj. Samostatnost Junáka už nikdy nebyla opravdová. Vybudování jednotné organizace mládeže za každou cenu vyvolávalo rozporné pojetí provádění skautské ideologie, ale i samostatnost organizace byla stále zpochybňována. To vedlo k odhodu mnoha činovníků a snahám z ČSM vystoupit.
Dne 25.2.1948 bylo Ústředí Junáka obsazeno ozbrojenou skupinou Akčního výboru Národní fronty, následně se zde vytvořil Akční výbor Junáka v čele s prof. Jaroslavem Preiringerem. Tento samozvaný orgán (AVÚJ) vydal prohlášení, ve kterém se mj. uvádí, že „mládež bude vychovávána k aktivní účasti na výstavbě státu, k boji proti nepřátelům naší lidově demokratické republiky a ke spolupráci při uskutečňování socialistického programu. V pevné jednotě s ČSM bude AVÚJ pracovat, aby ze světa zmizely zpátečnické živly, které staví přehrady základním ideám skautského hutí…“
Přes všechno úsilí a nadšení se činnost Junáka schylovala ke konci. V dubnu 1949 bylo oznámeno zakládání pionýrských oddílů Junáka. U skautské organizace se naopak již téměř nedalo hovořit o soustavné činnosti. Letní tábory pro brněnské oddíly byly povoleny jen hromadně formou lesních brigád na Šumavě. Od konce roku 1948 se v královopolském středisku konaly pravidelné junácké besedy, které udržovaly skautskou sounáležitost. I v roce 1950 ještě brněnské oddíly tábořily, ale pouze hromadně, formou „borůvkových brigád“, tentokráte v Orlických horách.
Junák byl jako organizace zakázán k 1.1.1951, kdy začalo období 2. skautské ilegality.