Po nacistické okupaci naší vlasti nastala doba tvrdého národnostního útlaku a perzekuce. Dne 17. listopadu byly u nás násilně uzavřeny vysoké školy a řada vysokoškoláků – mezi nimi též skautských vůdců – byla odvlečena do koncentračních táborů, zejména Sachsenhausenu. Mladí lidé byli hromadně povoláváni na práce „do říše“, po roce 1943 do technických nouzových služeb, protiletecké obrany a do zbrojního průmyslu. Na všech školách se ve všech předmětech postupně zaváděla výuka v němčině. Nacistická okupace (15.3.1939 – 8.5.1945) zaútočila nejostřejším nátlakem na tu část skautského slibu, který přikazoval „milovati vlast svou, Republiku československou a sloužiti ji věrně v každé době“ Vůdcové oddílů se museli rozhodnout. Část starších přecházela ilegálně různými cestami do zahraničí a dávala se k dispozici vojenským složkám Spojenců. Zbylí vedoucí – starší sami vytvářeli ilegální skupinky, nebo se k přímému odboji přidávali; mladší bratři (a nebylo jich málo) pokračovali v činnosti s dětmi.
Na našem území se záhy začal formovat domácí odboj. Zejména se jednalo o skupinu „Obroda národa“. Na Českomoravské vysočině vedl tyto akce gen. Vojtěch Luža a po jeho tragickém konci pak prof. JUDr. Josef Grňa – Vlk. V květnu 1945 došlo k plnému osvobození naší vlasti a současně skončila i druhá světová válka. V boji proti okupantům, který se v průběhu let stupňoval, ztratilo život 640 členů Junáka – mezi nimi byli i 15letí hrdinové. Je to více – vyjádřeno v procentech – než činí celostátní průměr. Dokladem naší dobré služby vlasti bylo množství vojenských vyznamenání udělených jednotlivcům i junáckým kolektivům.